目前並沒有直接證據顯示咖啡因會導致骨質疏鬆症，且某些研究發現，咖啡因雖會增加鈣質排泄，但並非造成骨質疏鬆的高危險因素，鈣質的攝取不足纔是主要原因，因此仍建議應該注意鈣質的充分攝取。咖啡對血脂肪、血壓、心臟病與癌症的發生率，目前研究人員還沒有足夠證據顯示咖啡因相關性。喝咖啡過量雖然可能會妨礙胎兒的發育，但未能證實是否會導致早產或嬰兒出生體重不足。不過仍然奉勸孕婦少喝咖啡爲妙，因已有夠多的研究指出咖啡因會降低婦女受孕的機會，增加流產的風險，阻緩胎兒的發育。
