明朝南京六部的作用分別爲:1、南京戶部,負責徵收南直隸以及浙江、江西、湖廣諸省的稅糧,同時還負責漕運、全國鹽引勘合;2、南京兵部,負責南京地區的守備,南京兵部尚書與鎮守太監和南京守備勳臣共同管理南京的全部事務;3、南京吏部,負責南京地區官員六年一度的京察考功;4、南京刑部,負責南京諸司、公侯伯府、京衛所的刑名;5、南京工部,管轄南京及附近各省的重大事務,並鑄造由南京戶部刷印鹽引勘合的銅板;6、南京禮部,負責主持禮儀祭祀活動。