湖北省移民局成立之初，稱爲省移民辦、省移民局，直屬原省人民委員會，以後隨着丹江口水庫移民大搬遷結束，在一個較長的時間裏，改爲一個處，隸屬省民政廳，對外則以省移民辦的名義協調水庫移民方面的工作。
1993年三峽工程動工以後，省委、省政府高度重視移民工作，決定在原民政廳移民處的基礎上組建湖北省三峽工程移民開發局，同時掛湖北省移民開發局的牌子，其機構性質爲依照公務員管理、具有行政職能的副廳級事業單位，爲省財政全額撥款。
作爲三峽工程移民局，對口國務院三峽工程建設委員會有關部門，負責我省三峽工程壩區、庫區移民工作，作爲湖北省移民局，對口水利部、國務院南水北調工程建設委員會、國家計委等，負責部管大型水庫移民工作。
2002年11月，省委、省政府爲加強對移民工作的領導，決定將省移民局由省民政廳管理調整爲省政府直屬。
