日本納豆氣味較臭，味道微甜，不僅保有黃豆的營養價值、富含維生素K2、提高蛋白質的消化吸收率，更重要的是發酵過程產生了多種生理活性物質，具有溶解體內纖維蛋白及其他調節生理機能的保健作用。傳統制法將蒸熟的黃豆用稻草包裹起來，稻草浸泡在100度的沸水中以殺菌消毒，並保持在攝氏40度放置一日，稻草上常見的枯草桿菌（納豆菌）因可產生芽孢而耐熱度高，殺菌過程不受破壞，高溫培養速度快也能抑制其他菌種，並使黃豆發酵後產生黏稠的絲狀物，這種黏稠外觀主要來自成分中的穀氨酸，被認爲是納豆美味的來源。
