羊肚菌的保質期是多長時間要根據保存方法來判斷。如果放進保鮮袋裏，貯藏在冰箱冷藏層，大約可以保存5~7天。若放進保鮮袋後貯藏在冰箱冷凍層，那麼則可以保存1年。注意放進冰箱冷凍室，其溫度要保持在-18度左右。
在保存羊肚菌的時候，不要用清水清洗再保存，直接將買回家的羊肚菌放進保鮮袋裏就行，之後存放在冰箱內。新鮮的羊肚菌還是要儘快吃，無論是什麼新鮮的食材，只有越新鮮口感纔會更好，保存時間越長，其口感就會越低。
羊肚菌有新鮮的，也有乾的羊肚菌，如果想長時間保存羊肚菌，那就購買乾的羊肚菌。幹羊肚菌在食用之前需要進行泡發，而泡羊肚菌是有技巧的，不能用開水，也不能用冷水，要用四五十度左右的溫水，這種溫度的水既能保證羊肚菌的香味發散出來，又不會破壞羊肚菌的口感。
幹羊肚菌要保持乾燥，如果長期處於溼潤或者潮溼的狀態，那麼就會導致羊肚菌腐爛變質。如果是新鮮的羊肚菌，要晾曬幾天，曬乾後再存放起來，不建議直接將新鮮的羊肚菌放進冰箱裏保存。
