交響樂是莫扎特創作中的重要部分。他最有代表性的交響曲是他最後的三部，即降E大調、g小調和C大調交響曲。其中《降E大調第三十九交響曲》明朗愉快、充滿詩意；《g小調第四十交響曲》富有戲劇性，有海頓式的樂觀主義情緒，但在技法上又完全不同於海頓，被稱爲莫扎特的“英雄”交響曲；《C大調第四十一交響曲》（通常被稱爲《朱彼特》）宏偉豪邁、東觀向上，預示了貝多芬的英雄性的交響曲的出現。莫扎特的交響曲（尤其是最後三首），是貝多芬之前的全部交響曲創作的最高成就。他的突出貢獻在於各樂章之間的主題之間的對比性。
