首次辦理港澳通行證流程必須本人親自前往戶口所在地的縣級以上公安局出入境管理部門申請，必須攜帶的資料有：身份證原件、戶口簿原本、戶口簿複印件，相片。證件工本費100元，簽註費20元/注/次。正常情況下當天可以完成。
內地居民因私往來香港或澳門特別行政區旅遊、探親、從事商務、培訓、就業等非公務活動，向戶口所在地的市、縣公安出入境管理部門提出申請。憑公安出入境管理部門簽發的往來港澳通行證及有效簽註前往。
內地居民前往香港或澳門特別行政區定居，向戶口所在地的市、縣公安出入境管理部門提出申請。憑公安出入境管理部門簽發的前往港澳通行證前往。前往香港特別行政區定居的，持證人須於羅湖口岸、深圳灣口岸、蛇口碼頭口岸（乘船）、福田口岸出境；前往澳門特別行政區定居的，持證人須於珠海拱北口岸出境。
