細胞質基質中沒有DNA，DNA只存在於兩個地方，細胞核內和線粒體基質裏。細胞質基質除了有各種細胞器，能發現的核酸就只有負責蛋白質翻譯的tRNA和mRNA。細胞質是細胞質膜包圍的除核區外的一切半透明、膠狀、顆粒狀物質的總稱。含水量約80%。細胞質的主要成分爲核糖體、貯藏物、多種酶類和中間代謝物、各種營養物和大分子的單體等，少數細菌還有類囊體、羧酶體、氣泡或伴孢晶體等。
