清洗比色皿是採用能溶解中和的方法來進行清洗，比如測定溶液是酸，就用弱鹼溶液洗；測定溶液是鹼，就用弱酸溶液洗；測定溶液是有機物質，就用有機溶劑洗，比如酒精等溶液洗。其步驟是兩手捏住比色皿後，將參比液或樣品液沿着比色皿的一個角倒入廢液瓶，這時不要着急將比色皿離開廢液瓶，而是順勢將比色皿的倒出角貼到廢液瓶上，讓比色皿裏面的液體全部沿着這個角流出，再用對應的清洗溶液進行清洗。
