無菌室一般是在微生物實驗室內專闢一個小房間，可以用板材和玻璃建造，面積不宜過大，約4至5 平方米無菌室外要設一個緩衝間，緩衝間的門和無菌室的門不要朝向同一方向，以免氣流帶進雜菌。
無菌室和緩衝間都必須密閉，室內裝備的換氣設備必須有空氣過濾裝置，無菌室和緩衝間都裝有紫外線燈，無菌室的紫外線燈距離工作臺面 1 米，工作人員進入無菌室應穿滅過菌的服裝，戴帽子，超淨臺其主要功能是利用空氣層流裝置排除工作臺面上部包括微生物在內的各種微小塵埃。
通過電動裝置使空氣通過高效過濾器具後進入工作臺面，使檯面始終保持在流動無菌空氣控制之下，而且在接近外部的一方有一道高速流動的氣簾防止外部帶菌空氣進入，無菌操作技術當前不僅在微生物學研究和應用上起着舉足輕重的作用，而且在許多生物技術中也被廣泛應用。
