省醫保和市醫保的區別主要有定點醫院、報銷比例以及相關辦理等。在定點醫院方面，一個是省醫院，一個是市醫院。在報銷比例方面，各地情況不一樣，一般是省醫保報銷比例高於市醫保；在辦理方面，省醫保只能是省直單位的職工和檔案在省人才代理中心保管且辦有省養老統籌的辦理，市醫保只能是市直單位的職工和檔案在市人才代理中心保管且辦有市養老統籌的辦理。此外，就醫和住院用藥和檢查也不一樣。省級醫保就醫和住院時用藥數量和檢查項目都比市級醫保多。
