北京中醫藥大學：截至2017年3月，設有中醫學院、中藥學院、生命科學學院、鍼灸推拿學院、管理學院、護理學院、人文學院、馬克思主義學院、國學院、國際學院、臺港澳中醫學部、第一臨牀醫學院、第二臨牀醫學院。設有中醫學、中藥學、中藥製藥、藥學、鍼灸推拿學、康復治療學等12個本科專業。
廣州中醫藥大學：學校下設國際學院、第一臨牀醫學院、第二臨牀醫學院、第三臨牀醫學院、深圳臨牀醫學院、基礎醫學院、中藥學院、鍼灸康復臨牀醫學院、護理學院、經濟與管理學院、人文社科學院、醫學信息工程學院、繼續教育學院、體育健康學院等二級學院15個，開設本科專業18個，橫跨醫學、理學、工學、管理學、經濟學、文學、教育學7個學科門類。
上海中醫藥大學：校有研究生院，21個直屬學院，3所直屬附屬醫院，4所非直屬附屬醫院，22個附屬及共建研究所，15個研究中心；成立了由上海19家中醫機構組成的醫教研聯合。
