名偵探柯南以黑衣人出現的有：
第1集雲霄飛車殺人事件、第13集電玩公司殺人事件、第54集黑衣組織十億元搶劫事件、第128集來自黑衣組織的女子、第129集大學教授殺人事件、第176集與黑衣組織的再會（灰原篇）、第177集與黑衣組織的再會（柯南篇）、第178集與黑衣組織的再會（解決篇）、第230集神祕的乘客（前篇）、第231集神祕的乘客（後篇）、第271集隱藏匆忙中的省略（前篇）、第272集隱藏匆忙中的省略（後篇）、第286集工藤新一NY事件（事件篇）、第288集工藤新一NY事件（解決篇）、第289集光彥森林迷失記（前篇）、第290集光彥森林迷失記（後篇）、第307集遺留的無聲證言（前篇）、第308集遺留的無聲證言（後篇）等等。
