湖內的魚類從種類組成以鯉科爲主，約佔全湖種類的50%以上。若以生態類型區分三類：A湖泊定居型魚類如鯉、鯽、鯿、魴、鮊、刀鱭、銀魚、烏鱧、鱖、黃顙魚等,它們終生定居於洪澤湖，其種羣多、數量大，成爲漁業產量中的主要魚類，B索餌洄游型魚類，如草魚、青魚、鰱、鱅、鱤魚等。
