如果協議有明確條款說明蓋章後生效，但只有法人代表簽字，沒蓋公章，協議還不能生效。沒有這個蓋章後生效的條款，雙方有法人代表簽字，沒蓋公章，協議就已經生效。
合同的生效是指已經成立的合同在當事人之間產生了一定的法律拘束力，也就是通常所說的法律效力。合同的成立與生效常常是緊密聯繫在一起的。當事人訂立合同的目的，就是要使合同產生拘束力，從而實現合同所規定的權利和利益，如果合同不能生效，則合同等於一紙空文，當事人也就失去了訂約目的。
法律依據：
《民法總則》第六十一條，依照法律或者法人章程的規定，代表法人從事民事活動的負責人，爲法人的法定代表人。法定代表人以法人名義從事的民事活動，其法律後果由法人承受。法人章程或者法人權力機構對法定代表人代表權的限制，不得對抗善意相對人。
