村民違法佔地建房存在的問題有：一、借新農村建設之名違法佔地。新農村建設應當按照“生產發展、生活富裕、鄉風文明、村容整潔、管理民主”的總體要求逐步推進。二、村莊和集鎮建設規劃滯後。村莊和集鎮建設規劃更是鄉鎮、城建、國土多頭管理，致使實際形成有人管理、無人牽頭的現象。三、國土資源管理體制不順，執法監察難以實施。四、法律和政策上的問題。根據《中華人民共和國土地管理法》第六條規定：土地行政主管部門有權“責令非法佔用土地的單位或者個人停止違反土地管理法律、法規的行爲。五、建房審批手續形同虛設。
