蜥蜴用肺呼吸。蜥蜴屬於爬行動物，爬行動物一般都用肺來呼吸。蜥蜴也不例外，它們也是用肺呼吸的。因爲它們是用肺呼吸的，所以它們不能在水中呼吸，只能在陸地上呼吸。因此，它們是不能長時間泡在水裏的。它們對水的依賴性不強，有一些不太依賴水的蜥蜴品種，甚至可以在比較乾旱的沙漠裏面生存。
跟兩棲動物相比，蜥蜴的肺部結構比較複雜，功能也比較完善，只借助肺部就可以順利呼吸，不用再借助其它器官輔助就能夠將足夠的氧氣供給身體的需要，並且將身體內部產生的二氧化碳排出體外。肺部這一構造是比較高等的動物纔有的，因爲肺部是一種高級構造，呼吸效率比較高。
