員工請事假不會被扣除年終獎。獎金是工資的一部分，是勞動者應得的待遇，向勞動者支付績效獎金是用人單位的義務。獎金與其他方式的工資一樣，是勞動者與用人單位通過勞動合同約定、或由用人單位有關制度規定的。【法律依據】根據《工資支付暫行規定》第七條，工資必須在用人單位與勞動者約定的日期支付。如遇節假日或休息日，則應提前在最近的工作日支付。工資至少每月支付一次，實行周、日、小時工資制的可按周、日、小時支付工資。
