境內最高海拔爲2412、9米。1、萬源市屬典型的山區農業市，境內山巒重疊，溝壑縱橫，海拔高差較大，相對高差達2000多米，大部分地方海拔600至1400米，佔幅員面積的83%，地形由東北向西南傾斜，地貌類型主要多爲山地。2、大巴山主脈自西北向東南綿亙於境內北部，主要山峯有花萼山、趙家山、歪頭山、老八合山、九盤石、龍池山等，海拔均在1600米以上，最高峯花萼山海拔爲2380.4米。
