實施醫療潔淨室工程中，還須安裝回風系統，迴風系統由迴風口、過濾初效器、中效迴風箱組成。經過不斷的淨化，從迴風口排出的空氣也比室外空氣潔淨，因此，可和潔淨新風混合，以減少淨化成本。 在醫療潔淨室工程中，須設置合理的潔淨分區，在進入潔淨室之前，須首先在緩衝區更換衣物、清潔沐浴，等等。緩衝區門安裝電子互鎖，更衣處放置潔淨儲衣櫃、空氣 清新機，並且保證緩衝區相對於潔淨室爲低壓，以免污染氣流灌入潔淨室。 人和物品進入醫療淨化室，須經過風淋室、貨淋室。通過風淋室、貨淋室的深度吹淋作用，可把附着於表面乃至深處的污染物吹淋掉。如果是小件物品，可用傳遞窗來傳遞。有了傳遞窗，避免頻繁開啓潔淨室的正門。 在醫療潔淨室工程中，爲了達到理想的淨化效果，並減少淨化成本，往往會使用局部的空氣淨化設備，如百級垂直層流工作臺、層流罩(FFU)、潔淨棚、自淨器等。爲了檢測淨化室潔淨度，須配備激光塵埃粒子計數器。
