查查與其同源的基因在其它生物尤其是親緣關係很近的生物體內有沒有已經被證明功能的，或者猜想與什麼功能有關的。尋找突變體（該基因缺失的個體）或者設計序列沉默該基因，然後觀察其表型和正常個體有什麼差別。尋找該基因過量表達的個體，觀察表型和一般個體的差異，也可以作爲一個參考。這些知識給你的研究提供思路，最後你要克隆得到該基因，在一個該基因缺失的突變體（株）內表達該基因，如果你在該個體內檢測到表達並且該個體和一般個體性狀差異消失，那麼證明該個體是控制此性狀的基因（之一）。
