1、不建議衝施生物菌肥，這樣效果不佳，但是可以灌根，主要針對液體生物菌肥。施用微生物菌肥的時候，基施可用方法有撒施、溝施、穴施，也可以撒施一部分，剩餘部分以穴施效果更佳。2、菌肥中的菌種只有經過大量繁殖，在土壤中形成規模後纔能有效體現出菌肥的功能。爲了讓菌種儘快繁殖，就要給其提供合適的環境。一般菌肥在酸性土壤中直接施用效果較差，如硅酸鹽細菌需要在pH7～8土壤中生存，所以要配合施用石灰、草木灰等，以加強微生物的活動。
