孫中山對太平天國的評價在讚揚的同時，也尖銳地指出其不足。太平天國“只以驅除鞋虜自任，此外無所轉移”。1912年4月，孫於辭去臨時大總統之職後在同盟會會員餞別會上又說:“太平天國即純爲民族革命的代表，但只是民族革命，革命後仍不免爲專制，此等革命，不能算成功。”孫於此時斷言太平天國之革命“不能算成功”，是哀其古人，亦痛辛亥革命後“仍不免爲專制”之今也。他認爲，太平天國“不懂外交”、“不北伐”、“讀書人不贊成”、“大家想做皇帝”，是太平天國失敗的重要原因，“他們一班人到了南京之後就互爭皇帝、閉起城來自相殘殺”，則是失敗的“最大的原因”。
蔣介石:“往者，洪楊之先民，崛起東南，以抗滿清，雖志業未竟而敗亡，而其民族思想之發皇，轟轟烈烈，在歷史上足以留一重大紀念焉”，“太平天國之戰爭，爲十九世紀東方之第一大戰，太平天國之歷史，爲十九世紀東方第一光榮之歷史”。
