港澳通行證中個人旅遊與團隊旅遊的區別是出關和過關途徑和手續不一樣。港澳通行證是大陸居民去香港、澳門的專用證件，去香港需要香港的簽註，去澳門需要澳門的簽註，簽註類型主要有團隊旅遊籤和個人旅遊籤。不論是想參團到香港旅遊或是自由行，前提要有港澳通行證及其有效簽註，參團旅遊或自由行，跟簽註類型沒有直接關係，這完全由個人決定。簽註爲團隊旅遊籤的，可以直飛香港，個人旅遊籤的只能選擇在深圳或珠海出關，不可直飛，但都可以從香港直飛回大陸國內城市。過關方式不同，在深圳各關口過關去香港時，團隊旅遊籤通行證可自行過關，不會產生任何費用，個人旅遊籤通行證需要深圳的旅行社做團隊旅遊名單並由導遊送過關，會有一個送關服務費,需要旅行社出示跟團名單，方可以自行前往香港或者澳門。