關於元謀人化石的地質時代和絕對年代，學術界存在不同看法。
一種觀點認爲屬早更新世早期，在距今170萬年左右。中國地質科學院地質力學研究所用古地磁方法測定距今170萬±10萬年。電子自旋共振法測定爲距今160~110萬年。根據與元謀人伴生的哺乳動物的研究和與北京人牙齒的比較，似乎更爲原始。
另一種意見認爲，在中更新世。因爲古地磁年代不應超過73萬年，根據元謀人的化石層，可能距今60萬～50萬年或更晚。
經過對所發現的石器的研究，表明元謀人所處時期爲舊石器時代早期。
如果將元謀人的年代定位爲170萬年前，那麼元謀人就是目前已知的中國境內最早的古人類。由於這是最初的對元謀人的年代定位，一些教材、通俗讀物和百科全書都持此說。如果將元謀人的年代定位爲60萬年左右，那麼元謀人的年代將晚於公王嶺藍田人。
