1、體積不同：一般蜥蜴體積偏大，而壁虎體積偏小。
2、發聲不同：大多數蜥蜴不會發聲，而壁虎的不少種類都可以發出宏亮的聲音。
3、食物不同：蜥蜴大部分的種類爲肉食性，以昆蟲、蚯蚓、蝸牛、老鼠等爲食，也有以仙人掌或海藻爲主食，或者是雜食性動物。壁虎的食性也很雜，主要以活體小昆蟲爲主，如蒼蠅、蚊子、蟑螂、黃粉蟲等。
4、科目總稱不同：蜥蜴是爬行綱目中所有爬行動物的總稱，而壁虎是蜥蜴亞目下壁虎科動物的總稱。
5、外觀不同：蜥蜴的頭頂有或無對稱的大鱗，鱗片覆瓦狀、常具棱體，多側扁。而壁虎的頭頂無對稱排列的大鱗，體背面被粒鱗或疣鱗，體大多扁平，皮膚柔軟。
6、尾巴不同：蜥蜴的尾巴長不容易斷，尾巴斷了之後不能長出來，而壁虎的尾巴容易斷，斷了會長出來。
