1、科屬不同：裸鯉魚屬鯉科，裂腹魚亞科，裸鯉屬；鯉魚屬鯉亞科，鯉屬。
2、外形特徵不同：裸鯉魚的體型較長，在60釐米左右，身體比較圓潤；而鯉魚的體型較短，在35釐米左右，身體較扁。裸鯉魚除胸鰭上方和腹鰭至臀鰭兩側有大鱗外，其餘全身沒有鱗片；而鯉魚除頭部外，全身佈滿鱗片。
3、分佈區域不同：裸鯉魚僅分佈於中國青海湖及其湖周支流，爲高原低溫鹽鹼性水域經濟魚類，喜棲息於灘邊、大石堆間流水緩慢處；鯉魚是在亞洲原產的溫帶性淡水魚，分佈在除澳洲和南美洲外的全世界，喜生活於平原上的暖和湖泊，水流緩慢的河川裏。
