若爾蓋花湖海拔2400米至4200米，平均海拔3500米。若爾蓋宛如一塊鑲嵌在川西北邊界上瑰麗奪目的綠寶石，是我國三大溼地之一。北部和東南部山地系秦嶺西部迭山餘脈和岷山北部尾端，境內山高谷深，地勢陡峭。
若爾蓋縣境內地形複雜，黃河與長江流域的分水嶺將全縣劃分爲兩個截然不同的地理單元和自然經濟區。中西部和南部爲典型丘狀高原，佔全縣總面積69%，地勢由南向北傾斜。若爾蓋縣主要河流有白龍江、包座河和巴西河，另有嘎曲、墨曲和熱曲，從南往北匯入黃河。
若爾蓋縣屬高原寒溫帶溼潤季風氣候，常年無夏。年平均氣溫1.1℃，年降水量648.5毫米。無絕對無霜期。降雨多集中於5月下旬至7月中旬，年降雨量656.8毫米。年均相對溼度69%。每年9月下旬土地開始凍結，5月中旬完全解凍，凍土最深達72釐米。
若爾蓋縣木材資源豐富，植物127科1162種，主要有冷杉、雲杉、油松、高山柏、樺木等林木資源，有紫果雲杉等珍貴林木。藥用植物有121科1094種，盛產貝母、蟲草、秦芫、羌活、大黃、鹿茸、雪蓮花等名貴中藥材。
