菌蓋木栓質，形態各異，長在一起的雄雌兩株形態相似，香味濃。人工栽培的靈芝每朵形態都一樣。靈芝未成熟時菌蓋邊沿有一圈嫩黃白色生長圈，成熟後消失並噴出孢子粉。野生赤芝並不是都有菌柄，有柄或近無柄或無柄；紫芝有柄極少數無柄或近無柄。靈芝菌柄紅褐色至黑色，都有漆樣光澤，堅硬。
靈芝生長中的光線過低就只長菌柄、不開片，如鹿角芝、靈芝草類。野生赤芝的菌蓋少數有天然漆樣光澤，經洗淨烘烤乾後，菌蓋會溢出漆樣光澤的靈芝油，有環狀棱紋和輻射狀皺紋。野生靈芝大小和形態變化較大。菌背面，有無數細小管孔，管口呈白色或淡褐色，靈芝生長初期菌背面一眼看去就一片白色，每毫米內有4～5個管孔，管口圓形，內壁爲子實層。靈芝種子（孢子），卵圓形，壁兩層，針尖大小，褐色，集多粉末狀。
