主要區別在於外形不同、棲息環境不同、生活習性不同。
1、外形不同
倉鼠是小到大身體緊湊的鼠形齧齒動物。體型短粗，體重30~1000克 。尾部長度範圍從70~106毫米，一般是體長的一半，無鱗，上覆密毛，少數種類（如沙漠小倉鼠 ）則很短，不及後足的一半；某些物種的雌性比雄性大。尾毛色差異較大，一般爲灰色、灰褐或沙褐色，原倉鼠毛色比較鮮豔，背部紅褐色，腹部黑。
豚鼠的體形在齧齒類動物中偏大，體重在700~1200克（1.5~2.5磅）之間，體長在20~25釐米（8~10英寸）之間。身材短小但是強壯有力，頭較大，是身體的三分之一，眼睛大而圓，耳朵短小貼着頭部，毛髮粗糙而且很容易脫落，沒有尾巴。
2、棲息環境不同
倉鼠廣泛棲息於草原、農田、荒漠、山麓及河谷的灌叢，農田，花園和果園中，偶爾也進入房舍。可以在高達3600米的海拔找到倉鼠。
豚鼠棲息於岩石坡、草地、林緣和沼澤。集成5~10只的小羣，穴居，夜間活動。他們可以生活在廣闊的海拔範圍內，從海平面到4000米。雖然研究表明它們不能在極端炎熱或寒冷的環境中生存，但豚鼠可以承受從白天22?C到夜間-7?C的大範圍溫度。
3、生活習性不同
倉鼠主要以植物種子爲食，兼吃植物嫩莖和葉，果實，偶爾也吃昆蟲。不冬眠。冬季靠吃貯存的食物生活。
豚鼠以植物性食物爲食，在食物上沒有特殊要求，體質強健不易生病。
