1、音質不同：flac不會破壞任何原有的音頻信息，可以還原音樂光盤音質。mp3旨在大大減少音頻數據量，利用mpeg音頻第三層技術，將音樂壓縮成1：10甚至1：12的小文件。
2、音頻不同：flac音頻以FLAC編碼壓縮後不會丟失任何信息，將FLAC文件還原為WAV文件後，與壓縮前的WAV文件內容相同。mp3利用人耳對高頻聲音信號不敏感的特性，將時域波形信號轉換成頻域信號，並劃分成多個頻段，對不同的頻段使用不同的壓縮率，對高頻加大壓縮比對低頻信號使用小壓縮比，保證信號不失真。
3、壓縮比不同：flac是一種專為pcm音頻特性而設計的壓縮模式，可以使用播放器直接播放FLAC壓縮的文件。mp3其優點是壓縮後佔用空間小，適用於移動設備的存儲和使用。
