一、性質不同指標生：指標生是一種分配製度。公費生：公費生是一種獎勵制度。二、內容不同指標生：指標生是指通過錄取控制線，可以去對應招生分數線範圍高中的學校學習。公費生：公費生可以獲得國家為其免去高昂的學費，辦理醫療保險，並且按月發放生活補助。三、目的不同指標生：指標生的設置目的是促進教育平等化。公費生：公費生的設置目的是為了選拔學業優異的學生，減輕學生負擔，加強優秀人才的重點培養。四、學生人羣不同指標生：指標生是針對應屆國中畢業生人羣。公費生：公費生是針對大中專院校人羣。
