黃豆雖然營養價值高，但是一般並不提倡生吃，因為經過高温加熱後才更利於身體吸收營養。生黃豆中含有抗胰蛋白酶因子，影響人體對黃豆內營養成分的吸收，所以食用黃豆及豆制食品，燒煮時間應長於一般食品，以高温來破壞這些因子，提高黃豆蛋白的營養價值；黃豆蛋白質內賴氨酸較多，蛋氨酸卻較少，食用黃豆製品時應注意與含蛋氨酸豐富的食品搭配使用；黃豆內含有一種脂肪物質叫亞油酸，能促進兒童的神經發育；黃豆內還含有豐富的B族維生素和鈣、磷、鐵等無機鹽。
