1、分子伴侶對靶蛋白沒有高度專一性，同一分子伴侶可以促進多種氨基酸序列完全不同的多肽鏈摺疊成為空間結構、性質和功能都不相關的蛋白質。
2、它的催化效率很低。
3、它和肽鏈摺疊的關係，是阻止錯誤摺疊，而不是促進正確摺疊。
酶（enzyme）是由活細胞產生的、對其底物具有高度特異性和高度催化效能的蛋白質或RNA。酶的催化作用有賴於酶分子的一級結構及空間結構的完整。若酶分子變性或亞基解聚均可導致酶活性喪失。酶屬生物大分子，分子質量至少在1萬以上，大的可達百萬。
酶是一類極為重要的生物催化劑（biocatalyst）。由於酶的作用，生物體內的化學反應在極為温和的條件下也能高效和特異地進行。
