1、目的不同：自然選擇是使動物更加適應自然條件，而人工選擇則使家畜更有利於人類。2、方向不同：自然選擇往往有利於性能中等但適應強的個體，而人工選擇則有利於符合人類需要的某些極端性能表現的個體。3、作用性狀不同：自然選擇主要作用於適應性性狀，如繁殖力、成活率等，而人工選擇則主要考慮的是經濟性狀。4、選擇進展不同：自然選擇的速度很慢，選擇進展很小，而人工選擇的速度很快，選擇進展較大。
