藥物研究院院長是正廳級別。中國科學院上海藥物研究所是中科院下屬的二級部門，屬於正廳級別建制，所以中國科學院上海藥物研究所所長是正廳級別。
藥物研究院成立於2010年1月19日，是中國藥科大學爲構建藥物研發創新鏈，集聚學校新藥研發資源而形成的綜合性新藥研發技術大平臺。藥物科學研究院的組織構架爲，天然藥物活性組分與藥效國家重點實驗室，及七個中心實驗室。分別是新藥研究中心、新藥篩選中心、新藥安全評價研究中心、高端藥物製劑與材料研究中心、分析測試中心、江蘇省藥物代謝動力學重點實驗室和藥物質量與安全預警教育部重點實驗室。
