酵素硅藻源的使用方法是將其用較乾淨的井水或養殖池水稀釋50倍後全池潑灑。每桶可用1米水深的水面4-5畝，每半月左右使用一次，可據水體狀況加量使用。最好配合肥水精華和濃縮氨基酸等使用，建議在晴天上午光照條件較好與溶氧比較好的情況下使用。如果水中原生動物過多，可先殺蟲，三天後再使用硅藻源。
硅藻源爲藻種，不能代替肥類的使用，可以配合肥料一起使用，效果更佳。使用硅藻源前、後三天不得使用外用殺蟲藥與消毒藥，以免影響藻種的生長繁殖。硅藻能夠對水質和底質起到較好的淨化作用。硅藻在海淡水中均適宜大量培養，在氣溫15～30℃時，硅藻能夠大量生長繁殖。
