1、細心檢查菌枝和菌棒。雜菌喜歡生長在腐生環境中，所以製作培育菌棒時，應該選擇未腐朽、無黴菌的新鮮木材，同時要儘可能的縮短培養時間，一旦發現菌棒上出現雜菌，要立即清除，並置於陽光下暴曬1-2天，如果雜菌較多的情況要及時廢棄。
2、麻種消毒。在接種前要細心檢查麻種，如果發現有黴菌感染細心，首先是刮除日曬，或用75%酒精、多菌靈等局部消毒後使用，如果發現有損傷或者黴爛的麻種一旦要及時廢棄。
3、加強管理。在填充時一定要填實，切不可留有空隙，同時要加強溫度、溼度以及空氣的管理，控制好穴內的溼度，保持環境乾燥，這樣儘可能的減少雜菌產生。
4、天麻穴不宜過大、過深。利用菌棒數量較少的菌麻栽培、是防止雜菌感染的一種最好的栽培方法。
5、加大蜜環菌的用量。菌枝或菌種放得多，菌生長長得快，就能抑制其他雜菌生長，也是一種不錯的防治方法。
