創業板和新三板的定義不同，創業板屬於二級股票市場，新三板爲第三股票交易市場；創業板上市條件更嚴格，另外投資羣體也不同。
定義不同：主板、中小板、創業板、新三板都是多層次資本市場的一部分。創業板市場又被稱爲第二股票交易市場，在創業板市場上市的公司大多是從事高科技業務，具有較高的成長性，成立時間較短，規模較小，業績也不突出的新興公司。新三板爲第三股票交易市場，主要針對的是中小微型企業，爲非上市股份有限公司的股份公開轉讓、融資、併購等相關業務提供服務，股票代碼以43開頭。
上市條件不同：創業板上市條件衆多，在主題資格、獨立性、規範運行、財務會計、募集資金投向等方面都有嚴格限制。而目前新三板掛牌的法定條件僅6條，且多爲定性指標，具體尺度由主辦券商判斷、把握。
投資者羣體不同：除了法律規定禁止買賣股票的人羣之外，其他人都可以到證券公司開戶買賣創業板股票，對最低資金沒有要求。而新三板的投資者則以風險承受能力較強的機構投資者爲主，如果是個人投資者，那麼其名下的證券類資產市值需要達到500萬元以上。
