港股通交易有以下費用：
佣金：標準佣金成交金額的千分之3，雙邊收取，最低5元人民幣。具體費率收取標準建議詳詢所在營業部。
交易稅費（雙向收取）：
印花稅：成交金額的千分之一，1港幣起（取整到元）；
交易徵費：成交金額的十萬分之2.7；
交易費：成交金額的十萬分之五；
交易系統使用費：每筆交易0.5港幣（部分成交：按成交筆數分別計算）。
結算費（香港結算收取）：
股份交收費：成交金額（實爲按每筆的成交金額）的十萬分之二，雙邊收取，最低2港幣，最高100港幣；
證券組合費（港股通特有）：根據持有港股的市值設定不同費率。
