1、理論基礎不同，治療方案也有不同：中醫是以我國特有的陰陽學說爲基礎，從整體上講求陰陽平衡，治療方案首先講求調理陰陽，也就是人們通常說的“治本”，陰陽學說、五行學說、臟腑學說、經絡學說是構成中醫理論的基礎和要素，中醫治療方案講求治本爲主，標本兼治，而西醫是以解剖學和生理學病理學爲基礎，非常客觀和直觀地把人體和病因分析後，針對性地進行治療，西醫針對性地治療，不等於是片面的和微觀的，這是人們對中醫和西醫的誤解，中醫不等於不講求局面，西醫不等於頭痛醫頭，腳痛醫腳；2.藥品主要來源不同，主要來源不同：其實西藥也有不少是天然藥的提取物，如最初的黃連素；3.由於理論體系不同：同樣的疾病，經中醫診斷後，很難用西藥去治療，而經西醫診斷後，也很難用中藥治療，中西醫結合的研究，正是使兩者儘可能地融通。
