邊境牧羊犬眼睛的顏色有褐色、藍色、一隻眼睛藍色一隻眼睛褐色三種。但是邊牧眼睛的顏色主要以褐色爲主，少量的藍色，而一藍一褐的邊牧視爲失格。品相好的邊境牧羊犬的眼睛要爲中等大小的橢圓形，且顏色爲褐色或藍色，目光要溫和、敏銳。
