西溪博物館由序廳、中國溼地展館和西溪溼地展館三大部分組成。序廳介紹溼地基本知識和世界經典溼地。中國溼地展館是溼地博物館的最主要部分，主要介紹中國溼地的類型、特點、國內重要溼地及我國開展溼地保護工作的成果。西溪溼地館重在突出西溪溼地的個性，城市溼地、次生溼地、人工溼地和人文溼地，主要闡述西溪溼地的歷史變遷及其文化，西溪溼地資源狀況。
