事實上色素在紙帶上的寬窄主要取決於色素分子本身的結構，以及色素分子隨層析液擴散時與固定相之間的親和力。葉綠素分子在第Ⅳ環上有葉綠醇鏈，是葉綠素分子的親脂部分，使葉綠素分子只有親脂性，能溶解在層析液中。它的金屬卟啉環中，鎂偏向於帶正電荷，而氮則帶負電荷，顯極性，因而具有親水性，易於濾紙上吸附的水結合。且葉綠素a的分子量大，分子間的相互作用力也大，這樣在固定相中移動的速度就慢，色素重疊，使之集中分佈在較窄的範圍內。而葉黃素分子是非極性的化合物，易進入有機溶劑中，在流動相中色素分佈較多，分子含量相對較少，分子間相互作用力也小，移動速度較快。另外它的兩個紫羅蘭酮環上各有一個氫氧鍵具有一定的極性，隨層析液擴散的同時，又與濾紙上的水分有一定的親和力。因此，分佈在較寬的範圍內。
