歷史上沒有詳細記載，因爲出於保護自己子孫考慮，沈萬三將後代裹挾在沐英的大軍中南下滇黔一帶，在沐英派出的陳、鄭等軍官的照顧下，沈萬三的後人及其龐大家族隱姓埋名在屯堡。
元朝中葉，沈萬三的父親沈佑由湖州路烏程縣南潯鎮沈家漾村遷徙至周莊東垞，後又遷至銀子浜。沈萬三在致富後把蘇州作爲重要的經商地，他曾支持過平江張士誠的大周政權，張士誠也曾爲沈萬三樹碑立傳。明初，朱元璋定都南京，沈萬三助築都城三分之一，朱元璋封了他兩個兒子的官;在南京還建造了"廊廡一千六百五十四楹，酒樓四座"，有了舒適的住宅;但不久，沈萬三被朱元璋發配充軍，在雲南度過了他的餘生。
