大金剛菩提子、小金剛菩提子的最本質區別不在於1.5釐米，1.2釐米，1.0釐米這些外徑的差別（當然這些外徑的差別是判斷大小金剛的重要標準），最重要的區別是植物樹種有所不同。
依照瑞典生物學家開闢的生物學種類的區劃，生物可依照界、門、綱、目、科、屬、種分類，從生物學角度看大金剛和小金剛同宗而不同種，我們或者可以這樣理解二者不同，尼泊爾大金剛籽是猩猩，印尼籽是猴子，二者雖然同宗，但是本質上不是一個種類。
從外形來看、尼泊爾籽一般較大（也有小的），印尼籽一般較小（也有大的），所以在收藏界習慣於用大、小金剛來區分這兩個種屬。事實上，在除了中國以外的收藏界，都是用產地來標明籽的身份，如尼泊爾籽、印尼籽等，而不是用中國廣義的“大金剛”“小金剛”，大小都是相對的。
