阿圖什市是新疆克孜勒蘇柯爾克孜自治州的首府。位於新疆維吾爾自治區西南部，天山南麓，塔里木盆地西緣，東連柯坪縣，東北與阿合奇縣相接，東南接巴楚縣，南與伽師縣和疏附縣相連，西鄰烏恰縣，西北與吉爾吉斯斯坦爲界，邊境線長129公里。阿圖什海拔高度1200～4562米，邊境線長88.3公里，界碑11個，重點通外山口15處。全市土地面積1.55萬平方公里，市境內東西長244公里，南北寬約122公里。
