1、等級不同：
二級甲等醫院是二級醫院中實力最強的醫院。
三級甲等醫院是中國內地對醫院實行“三級六等”的劃分等級中的最高級別。
2、功能不同：
二甲醫院是向多個社區提供綜合醫療衛生服務和承擔一定教學、科研任務的地區性醫院。
三甲醫院是向幾個地區提供高水平專科性醫療衛生服務和執行高等教育、科研任務的區域性以上的醫院。
3、考覈標準不同：
二甲醫院按照醫院的功能、任務、設施條件、技術建設、醫療服務質量和科學管理的綜合水平進行等級評定而確定的醫院等級。
三甲醫院考覈的主要項目包括醫療服務與管理、醫療質量與安全、技術水平與效率。
