清朝在239年間共設置105任巡撫。順治四年設福建巡撫，首任巡撫是佟國鼐，光緒十一年改設臺灣巡撫，福建巡撫一職由總督兼理。
1、佟國鼐於1647年到1648年擔任福建巡撫；
2、張學聖於1648年到1653年擔任福建巡撫；
3、佟國器於1653年到1655年擔任福建巡撫；
4、劉漢祚於1656年到1659年擔任福建巡撫；
5、徐永禎於1659年到1661年擔任福建巡撫；
6、許世昌於1661年到1666年擔任福建巡撫；
7、劉秉政於1666年到1674年擔任福建巡撫；
8、楊熙於1674年到1678年擔任福建巡撫；
9、吳興祚於1678年到1681年擔任福建巡撫；
10、董國興於1682年到1683年擔任福建巡撫。
