轉錄組分析是指某個物種或特定細胞在某一生理功能狀態下，細胞內所有轉錄的mRNA產物的集合，包含了時間和空間的限定，是連接基因組遺傳信息與生物功能的蛋白質組的必然紐帶。轉錄水平的調控是目前研究最多的，也是生物體最重要的調控方式。 應用高通量技術進行轉錄組測序是一種快捷可靠的獲取轉錄組信息的方法。mRNA的轉錄本表達分析，通過獲得研究對象基因組轉錄區域的信息，鑑定轉錄發生位點，可變剪切等，其精確的計數方法更可對基因進行精確的定量分析。
